《基因组卵白质组与生物信息学报》2010年第3期内容精选
2010年第3期《基因组卵白质组与生物信息学报》(Genomics, Proteomics & Bioinformatics)共揭晓五篇研究性文章，综述及要领各一篇。精彩内容，禁止错过。
封面文章：牛核仁的卵白质组学剖析
核仁是真核细胞中最突出的亚核结构，其功效和卵白组成至今仍未研究透彻。来自加拿大的Tikoo 研究小组通过对对牛核仁举行疏散提纯，LC-MS/MS剖析，以及数据库比对，判断出了311种牛核仁卵白，其中有22种卵白首次在核仁卵白质组剖析中被发明。研究批注，这些卵白不但与核糖体生物合成有关，还加入了细胞内转录，翻译，翻译后调理，运输，结构组织和细胞周期调控等多项生运气动。
H1N1研究综述，以及H1N1非结构性卵白结构与功效的相关性研究
2009年肆虐全球的甲型H1N1病毒是本期杂志的关注重点之一。来自中南大学的张丽军等以综述的形式回首了高通量转录组学和卵白质组学要领在甲型H1N1病毒的临床诊断与治疗，以及熏染机理研究等方面施展的重着述用，为控制H1N1病毒撒播提供了理论依据。另外，来自印度的Salahuddin 和Khan通过对H1N1的两种非结构卵白NS1，NS2的突变剖析，发明当突变影响到这两种卵白的功效时，H1N1的致病性强度也随之爆发改变，反之亦然。这一效果一定了在病毒中卵白结构与功效的相关性，也为H1N1疫苗的研制提供了资助。
一种研究差别脑膜炎双球菌克隆群间遗传差别的新要领
脑膜炎双球菌Neisseria meningitidis能引起脑膜炎和败血病，严重危害人类康健。由于差别的脑膜炎双球菌克隆群具有差别的盛行病学特征，因此，剖析差别克隆群的遗传组成差别变自得义重大。来自加拿大的Cuff研究小组，使用一种基于基因组结构点图的新要领，通过对菌株Z2491和M58全基因组的剖析和比对，发明MC58的致病基因更倾向漫衍于染色体的易位区，尤其是反向互补配对区域和共线性区域的毗连处，而Z2491则倾向漫衍于共线性区域。这种倾向性的发明将有利于对脑膜炎双球菌致病基因的寻找，及对其致病机理的深入研究。
转录滋扰对U6启动子活性的调控
一种组分对另一种组分的转录活性的直接负面影响，被称为转录滋扰。永利集团的聂凌虎等人发明，RNA干预载体中的U6启动子，其启动活性会受光邻近的启动子的影响，且影响的强度与其邻近启动子的种类，以及排列方法有关。这一发明对构建RNA干预载体时启动子和增强子的选择提供了有价值的参考意见。
卵白质第二位氨基酸也有特殊偏好性
绝大大都的卵白都是以AUG为起始密码子，以甲硫氨酸作为初始氨基酸已是一个不争的事实。那么，卵白质的第二位氨基酸是否也具有特殊的偏好性呢？来自以色列的Shemesh等人通太过析大宗物种的卵白质序列发明这种偏好性果真保存，并且随着进化而一直的改变：在原核生物中，倾向于使用赖氨酸作为第二位氨基酸，在低等真核生物中，则偏幸丝氨酸，而到了高等动植物，丙氨酸又成为了最佳候选。卵白质第二位氨基酸的偏好性是否对卵白的表达，稳固性以及功效有影响？它是否能作为功效和进化展望的工具？有待更深入的研究。
检测基因表达特征的新算法
在差别的实验条件下发明具有相似性的基因是判断具有重大生物学意义基因的第一步。由于基因芯片实验爆发的数据量很是重大，导致基因表达数据通常以线性方法泛起。然而，由于基因间保存相互作用，芯片数据并不是线性的。为解决这一问题，在本期的要领学文章中，来自西班牙的Reverter等人先容了一种能将kernel principal component analysis (KPCA) 和 Biplot团结起来检测基因表达特征的算法。这一算法不但包管了数据的非线性特征，尚有利于在输出显示时生涯输入变量。作者通过对结肠癌，白血病，以及淋巴癌数据集的磨练，显示新的算法可以很好的展现基因表达特征的潜在结构，并为基因与样品间的相互关系提供一种更为直观的熟悉。
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