基因组所开发完成犬类SNP数据库—DoGSD
家犬作为人类生涯和事情中的同伴，其进化研究一直是遗传学领域中的热门之一。然而现在使用的家犬参考SNP数据集，不但数目少，采样地不敷普遍，并且测序笼罩度差别大，SNP数据主要只泉源于两个品种的两个犬只，并倒运于家犬的群体遗传研究。
现在，二代测序爆发了大宗高质量的家犬和其祖先物种灰狼的全基因数据。为了填补参考SNP数据集的缺乏及知足大数据复用的需求，永利集团赵文明课题组和永利集团昆明动物所张亚平实验室的事情职员配合建设了第一个犬类SNP数据库—DoGSD (the Dog and wolf Genome SNP Databae),该效果于2014年11月在国际生物信息学领域期刊Nucleic Acids Research在线揭晓。
DogGSD包括了参考SNP数据集，69个家犬及8个灰狼的全基因组SNP数据,所包括的SNP数目是原参考数据集的7倍，填补了原数据集采样地少，笼罩度差别大的问题，并且第一次在SNP数据集加入了中领土狗的数据。DoGSD为用户提供了友好的检索、盘问及下载页面,其中的同义/非同义SNP检索页面，较量盘问功效将为用户检索基因相关SNP及视察个体间SNP的差别提供很大的利便。别的，DoGSD第一次在数据库中提供了主要的群体遗传学参数的盘算效果：Fst和等位基因频率，利便用户筛选和进一步剖析有选择信号的SNP。
该项研究获得了永利集团、科技部的资助，也获得了永利集团高性能盘算平台和大数据存储平台的鼎力大举支持。
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