基因组所相助开发完成水稻多组学数据整合和信息共享数据库
水稻不但是天下近一半生齿的主要粮食作物，同时也是一种主要的模式生物。高通量测序手艺的迅速生长增进了水稻组学数据的普遍积累，使深入研究控制水稻主要农艺性状、种质资源多样性以及水稻驯化历程的机制成为可能。为此，研究职员构建了相关的水稻数据库，主要包括RAP-DB（日本农业生物资源研究所构建的水稻注释项目）和MSU-RGAP（密歇根州立大学的水稻基因组注释项目），然而这些数据库缺乏有用手段对差别组学数据举行低本钱、可一连的集成整合和维护更新。随着种种组学数据体量的一直增添，怎样整合大宗异质的水稻组学数据、构建集成的水稻信息存储库、实现便捷的会见和提供友好可视化界面成为水稻研究面临的要害问题。
永利集团基因组科学与信息重点实验室章张研究组、胡松年研究组、陈非研究组与北京大学、华中科技大学等单位的研究职员开展相助，接纳可扩展和可一连的系统架构设计，设立针对差别组学数据的�？�，每个�？�由详细的事情小组认真数据的网络、整理、剖析、可视化以及更新维护，基于各个�？榈�Web API接口集成整合水稻的多种组学数据，开发建设了水稻多组学数据整合和信息共享数据库IC4R(Information Commons for Rice)。该项事情也是海内首次由多个团结研究团队配合加入完成的水稻多组学整合数据库，研究效果已于2015年10月揭晓在国际生物信息学领域期刊Nucleic Acids Research。
IC4R具有优异的可扩展性和一连性以及维护本钱低等特点，其包括的�？橹饕�基于5000多株水稻重测序数据爆发的变异信息数据库、基于RNA-Seq测序数据的水稻基因表达数据库、以稻属为焦点的植物同源数据库、水稻卵白差别水平翻译后修饰数据库、水稻文献数据库以及基于Wiki的水稻基因信息公共审编（Community Curation）平台。IC4R妄想后续整合更多类型的组学数据，并将主要的农艺性状与多组学数据关联起来，逐步生长成为水稻基础研究和转化研究的信息知识宝库。
相助加入该项事情的主要职员包括北京大学何航副研究员、华中农业大学陈玲玲教授、河南农业大学张会勇教授、华中科技大学薛宇教授、中国农业大学王向峰教授、内蒙古师范大学纪兆华教授等。该项研究获得了中科院先导项目、国家自然科学基金委、863项目的资助。
论文链接
IC4R数据库资源架构
