北京基因组所（国家生物信息中心）宣布更新版人类长非编码RNA知识库LncRNAWiki 2.0
克日，由永利集团（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的人类长非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）知识库LncRNAWiki 2.0正式上线 。该研究系统先容了LncRNAWiki更新版主要内容，并以“LncRNAWiki 2.0: a knowledgebase of human long non-coding RNAs with enhanced curation model and database system”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research 在线揭晓 。
LncRNA通过重大多样的分子机制施展主要功效，在多个生物学历程施展主要作用，与人类疾病的爆发生长亲近相关 。LncRNAWiki是一个基于MediaWiki框架开发的人类lncRNA群体审编知识库，最初注释了86个文献报道的lncRNA 。以后，研究团队每年一连增添新的功效性lncRNA并富厚lncRNA注释 。阻止2020年，LncRNAWiki已包括2,056个功效性lncRNA的注释信息，为相识lncRNA的功效和研究希望提供了主要的资源平台 。
为利便数据结构化治理及统计盘问，LncRNAWiki 2.0大幅提升了系统框架，并建设了标准化审编模子 。详细来说，2.0版主要基于MySQL/Java构建，结构化展示功效性lncRNA的10类注释信息，实时统计多种要害内容的研究希望，支持注册用户凭证审编模子在线提交/编辑/更新lncRNA相关知识，并基于审编知识和生信剖析效果展望lncRNA功效 。在群体审编方面，提供了包括分子特征、临床关联、靶基因、调控因子、实验样本、生物学功效、CRISPR实验、文献等10类内容的系统性审编模子，支持结构化审编注释 。为确保审编质量，增添了专业审核环节，且任何用户均可报告lncRNA页面上的注释过失 。
现在，LncRNAWiki 2.0共包括2,512个lncRNA的106,242条知识关联信息，这些关联知识主要来自于对16个专业数据库信息的标准化整合审编 � ；谥苋缓竦淖⑹�，在统计页面为研究职员提供实时的lncRNA功效图谱，例如凭证现有注释可知70%以上的lncRNA研究集中在疾病方面，在肝癌、白血病、结直肠癌中的研究较多 ；MALAT1、HOTAIR、H19等被报道较多，具有富厚的功效注释信息 ；lncRNA的定位研究主要集中在外泌体、细胞核中 ；帕比司他、顺铂和多西紫杉醇三种药物与lncRNA的关联研究较多 。所有相关知识在Browse页面均可一键免费下载 。
LncRNAWiki 2.0数据库具备友好的网页界面，利便数据治理，包括数据提交、编辑、审核、过失报告，以及浏览、搜索、下载和统计，提供了多种在线工具，用于lncRNA ID转换、序列比对和功效展望，助力掘客新的lncRNA功效，有望成为lncRNA功效注释和研究的主要资源平台 。
北京基因组所（国家生物信息中心）特殊研究助理刘琳，博士研究生李昭和硕士研究生刘畅为本文配合第一作者，马利娜副研究员与章张研究员为配合通讯作者 。该研究获得了中科院战略性先导科技专项、国家重点研发妄想、中科院青促会等项目资助 。
LncRNAWiki 2.0知识审编流程与主要内容
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