北京基因组所（国家生物信息中心）薛勇彪研究员相助展现古老转座子扩张影响通俗小麦转录调控演化
通俗小麦是全球莳植规模最广的谷物，具有普遍的情形顺应性，这被归因于三套顺应差别情形基因组的融合�；蛐蛄邢喽允鼐�，三套亚基因组的基因间区高度分解，那么，亚基因组怎样实现调控的协同与分解呢？2022年11月14日，Nature Communications 在线揭晓了题为“Transposable elements orchestrate subgenome-convergent and -divergent transcription in common wheat”的研究论文，展现了百万年前转座子的扩张影响通俗小麦亚基因组转录调控的协同与分解。
本研究通过描绘189个转录因子的全基因组团结模式（图A），展现小麦转录因子的团结位点在全基因组一经爆发多轮扩张（图B）。进一步对调控图谱开展进化剖析，发明这些扩张与特定转座子（TE）家族的扩张亲近相关。因而亚基因组特异TE家族扩张孝顺于亚基因组的调控分解（图C）。
可是，高度分解的基因间区怎样介导亚基因组协同调控呢？科研职员发明亚基因组协同的转录因子团结位点，大多只在一个亚基因组中由TE孝顺（图D）。这样不平衡的TE插入为何陪同平衡的转录因子团结？研究职员推测，小麦基因组曾爆发涯跃的TE爆发和蜕化，导致许多TE不再具有经典的TE结构。通过设计统计磨练战略，在全基因组水平判断基因周围蜕化的TE，发明三个亚基因组履历了不平衡的TE蜕化（asymmetric TE decay），而内部转录因子团结位点在亚基因组之间高度守旧，受到平行选择（parallel evolution of TFBS）（图E）。追溯这些TE的类型和爆发时间，发明亚基因配合祖先中一个特定TE家族（RLG_famc1.4）的古老扩张（约500万年前），孝顺于通俗小麦大宗转录因子的协同调控（图F）。团结转录组数据，发明这些转录因子平衡团结的靶基因在亚基因组间趋向于平衡表达。
综上，该研究通过整合通俗小麦转录因子团结图谱并开发降解TE的检测计划，发明500万年前古老的TE扩张和亚基因组分解后新兴的TE扩张对通俗小麦亚基因组协同和分解调控的差别孝顺，展示了转座子池的可塑性怎样影响多倍体调控的可塑性（图G）。
复旦大学张一婧研究员、永利集团北京基因组所（国家生物信息中心）/永利集团遗传与发育生物学研究所薛勇彪研究员、永利集团分子植物科学卓越立异中心/南方科技大学郎曌博研究员为论文的配合通讯作者。永利集团分子植物科学卓越立异中心博士生张郁芸、李子娟博士、博士生刘津易、永利集团遗传与发育生物学研究所张玉娥副研究员为论文的配合第一作者。南京农业大学张文利教授和永利集团遗传与发育生物学研究所童依平研究员相助加入本项事情。本项目获得永利集团战略先导项目，国家自然科学基金优异青年科学基金项目，以及立异研究群体项目的资助。
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