北京基因组研究所（国家生物信息中心）综述宿主介导的RNA编辑对病毒的影响
RNA编辑作为一种主要的共/转录后修饰 ，能够诱导内源性及外源性RNA序列的核苷酸爆发改变。这种转变在险些所有细胞生命的众多生物历程中施展主要作用 ，并与包括癌症在内的多种人类疾病息息相关。在后生动物中 ，主要的RNA编辑类型包括A-to-I与C-to-U两种 ，划分由ADAR和APOBEC家族酶催化。除催化活性外 ，作为RNA团结卵白的ADARs和APOBECs还可以直接与RNA底物相互作用 ，从而对内源性和外源性RNA ，特殊是病毒RNA的生物学功效爆发重大的分子效应。迄今为止 ，研究职员已经在差别的病毒中判断出许多宿主介导的RNA编辑事务 ，但仍缺乏对差别类型病毒中RNA编辑相关机制和效应的周全相识。
克日 ，北京基因组所（国家生物信息中心）章张、郝丽丽研究团队 ，团结北京大学分子医学研究所李川昀研究团队 ，凭证巴尔的摩病毒学分类 ，基于正链单链RNA (+ssRNA)、负链单链RNA (-ssRNA)、单链RNA逆转录(ssRNA- RT)、双链DNA (dsDNA)和双链DNA逆转录(dsDNA- RT)的角度 ，综述了目今宿主介导RNA编辑的研究希望 ，并以“Host-mediated RNA editing in viruses”为题 ，揭晓在Biology Direct 杂志。
该综述系统总结并描绘病毒与宿主之间所涉及的RNA编辑机制(脱氨依赖/非依赖)和分子效应(促病毒/抗病毒)图景(如图) ，批注RNA编辑可以通过增进或抑制病毒复制、卵白质合成等诱导促病毒或抗病毒作用。凭证该图景 ，研究团队发明脱氨依赖性的RNA编辑主要保存于负链单链RNA (-ssRNA)病毒中 ，而仅少数正链单链RNA (+ssRNA)病毒中保存脱氨依赖性的调控 ，批注它们在RNA编辑机制上保存不同 ，可能是由于病毒复制机制和生命周期的差别。别的 ，这种不同也可能与病毒撒播途径有关。另一方面 ，差别类型的病毒在宿主介导的RNA编辑方面也保存差别和相似之处。例如 ，RNA病毒倾向于同时使用ADARs和APOBECs ，而DNA病毒倾向于只使用APOBECs ，这将随着未来相关研究的富厚一连更新。别的 ，APOBECs ，特殊是APOBEC3G ，在负链单链RNA (-ssRNA)病毒以外的险些所有病毒中施展抗病毒作用 ，而ADARs则加入除dsDNA病毒以外的险些所有病毒的编辑。许多其他特征 ，如宿主类型和病毒载量、毒性 ，也可能与RNA编辑机制有关。总的来说 ，这些效果批注晰宿主和病毒之间RNA编辑的多样性。
内源性宿主RNA和外源性病毒RNA可以通过ADAR酶介导的差别编辑模式来区分。有研究发明 ，内源性RNA被适当编辑 ，而外源性病毒RNA在熏染时编辑水平较低。RNA编辑水平较低会激活dsRNA传感器(MDA5)和随后的抗病毒滋扰素反应通路。因此 ，病毒RNA中的异常RNA编辑可能有利于病毒的免疫逃逸 ，这是由于宿主损失了区分内源性宿主RNA和外源性病毒RNA的能力。
宿主介导的RNA编辑虽然在病毒中相对较弱 ，但可能是病毒进化的主要孝顺者。有研究发明 ，病毒可以通过宿主介导的RNA编辑机制改变病毒焦点基因序列 ，从而降低毒性 ，增强熏染性 ，并加速复制。差别病毒分支中的RNA编辑事务可能是在差别进化选择下爆发的 ，并有助于病毒表型的多样性。别的 ，某些特定的非同义编辑位点 ，如HDV中的amber/W位点 ，被以为是引发促病毒或抗病毒作用的要害。因此 ，宿主介导的RNA编辑可能是增进病毒顺应性进化的摇篮 ，但在差别类型的病毒中保存差别。一种假设是脱氨依赖性编辑有助于负链单链RNA (-ssRNA)病毒的顺应性进化 ，这需要进一步的研究。
毫无疑问 ，目今病毒RNA编辑的研究保存局限性。由于测序笼罩率低、测序过失及短读长等问题 ，病毒中的RNA编辑位点可能被遗漏或过失盘算。详细而言 ，由于多个RNA编辑位点可能被配合编辑并爆发重大的作用 ，因此基于短测序reads来识别及验证相邻RNA编辑位点的共存是一项挑战 ，特殊是关于外源RNA。在未来 ，由三代测序手艺爆发的长读长手艺在获取RNA编辑位点的全貌以及检测病毒动态生命周期中RNA编辑位点之间的协同性方面具有重大潜力。
别的 ，鉴于SARS-CoV-2盛行时代富厚的高通量测序研究 ，研究团队以为有须要开展SARS-CoV-2行列研究 ，系统研究宿主介导的RNA编辑机制及其对病毒的分子效应 ，进一步探讨轻、中、重度熏染者的RNA编辑异质性。
北京基因组所（国家生物信息中心）博士研究生朱彤彤为本文的第一作者 ，章张研究员、郝丽丽副研究员为本文的配合通讯作者。北京大学分子医学研究所李川昀教授加入了该研究。该研究获得国家自然科学基金等项目的资助。
论文链接
有实验支持的病毒编辑机制(脱氨依赖/自力)和效应(促病毒/抗病毒)的景观
