国家生物信息中心相助研发基因编辑动物新发突变数据库VDGE
基因编辑动物在生物科学和医学研究中施展着至关主要的作用，并且在农业领域展现出重大的现实应用潜力 。随着基因编辑手艺的迅猛生长，基因编辑动物的数目在已往十年间急速增添 �？蒲Ы缭嚼丛焦刈⒒虮嗉低扯陨锘蜃榈挠跋旒盎虮嗉镏锌赡芊浩鸬男路⑼槐湮侍� 。然而，现在仍然缺乏对基因编辑动物数据的整理、汇总以及标准化剖析，限制了研究职员深入挖掘和使用这些数据 。
10月29日，国家生物信息中心赵文明团队、昆明动物研究所王国栋研究组、遗传与发育生物学研究所张永清研究组团结，以“VDGE: a data repository of variation database for gene-edited animals across multiple species为题在Nucleic Acids Research?期刊揭晓论文，从实验室的基因编辑猴和基因编辑犬出发，同时网络、整理并剖析了现在具有家系全基因组数据的相关数据集，构建了基因编辑动物新发突变数据库VDGE，首次实现了对基因编辑动物新发突变的标准化剖析、整合和展示，为相关数据的深入挖掘和充分使用提供了一个综合的信息平台 。
VDGE包括6个要害�？�，划分是物种（Species），家系（Animal trios），样本（Samples），目的突变（On-target mutations），以及变异（Variations）和相关基因（Genes） 。VDGE现在的数据主体泉源于具有家系全基因组测序数据的相关数据集，涵盖了恒河猴、食蟹猴和犬等物种的107个动物家系，174个全基因组测序样本，56个目的突变，115,710个变异及12,708个相关基因 。除此之外，VDGE还整合了部分缺乏全基因组测序数据的基因编辑猪和犬，以及它们的相关目的突变信息 。未来，VDGE将进一步整合更多的基因编辑物种及多种类型的变异数据，为领域内的研究职员提供越发周全和多样化的数据资源平台 。
国家生物信息中心赵文明正高级工程师、昆明动物研究所王国栋研究员、遗传与发育生物学研究所张永清研究员为该论文的配合通讯作者 。遗传与发育生物学研究所事情职员石文文、国家生物信息中心博士生金恩慧、遗传与发育生物学研究所数据中心方璐为该论文的配合第一作者 。该研究获得科技立异2030项目、国家重点研发妄想、中科院先导专项和春城妄想等基金项目资助 。
VDGE数据库构建流程及内容展示
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