北京基因组研究所（国家生物信息中心）相助发明没有直接证据批注新型冠状病毒RNA能够整合进宿主基因组
新型冠状病毒SARS-CoV-2是造成COVID-19在全球规模肆虐的病因。该病毒为一种单股正链RNA病毒，具有高熏染性特征，能够熏染人体各代谢系统的多种组织器官，并引发严重的临床症状，深入研究新冠病毒基因组RNA的特征十分须要。
2021年8月2日，永利集团（国家生物信息中心）杨运桂研究组和中国医学科学院医学生物学研究所彭小忠研究组相助在Protein & Cell杂志上揭晓了题为“Comprehensive analysis of RNA-seq and whole genome sequencing data reveals no evidence for SARS-CoV-2 integrating into host genome”的研究效果。借助RNA测序（RNA-seq）和全基因组测序，研究团队对SARS-CoV-2熏染的人和猴细胞在转录组和基因组水平举行了剖析，发明没有直接证据批注新型冠状病毒RNA能够整合进宿主基因组。
研究团队首先用SARS-CoV-2划分熏染了人类细胞系（293T、Huh-7和Calu-3）和猴细胞系（Cos-7和MA-104），并举行了转录组测序。剖析发明，测序效果中保存宿主-病毒嵌合序列，其数目约占病毒测序读段总量的0.5%-1.8%，但这些嵌合事务重复性极低，并与宿主基因表达水平正相关。之后对人类的三种细胞系举行全基因组测序，研究团队并未在转录组高频嵌合事务对应的DNA片断上判断到嵌合信号，甚至未检测到任何能与SARS-CoV-2参考基因组匹配的DNA读段。以上效果批注，SARS-CoV-2或并不具备整合进宿主基因组的能力，转录组测序数据中的嵌合序列可能来自其它途径，如RNA测序文库构建历程中的随机毗连。
为验证该假设，研究团队将SARS-CoV-2熏染细胞和未熏染斑马鱼胚胎的RNA举行混淆，构建RNA测序文库并举行转录组测序及剖析。效果批注，除了人-病毒嵌合RNA片断，自然条件下不可能保存的斑马鱼-病毒嵌合RNA片断也泛起在了转录组测序效果中，并且两物种的各自嵌合读段数与其在混淆样本中RNA品貌比例险些一致，证实晰嵌合RNA读段来自文库构建历程中的随机毗连的推论。本研究通过对转录组测序、全基因组测序以及混淆样本转录组测序效果的系统性剖析，发明并没有直接证据批注SARS-CoV-2能够整合进宿主基因组，其嵌合信号主要来自于建库历程的随机毗连。
该研究获得科技部国家重点研发妄想等基金资助。
转录组及全基因组测序展现新型冠状病毒RNA不具备整合进宿主基因组的能力
