北京基因组所（国家生物信息中心）相助研究展现地中海涡虫再生时空转录组纪律
克日 ，永利集团(国家生物信息中心)杨运桂研究组、蔡军研究组和永利集团数学与系统科学研究院张世华研究组相助在Nature Communications 杂志上揭晓了题为“Spatiotemporal transcriptomic atlas reveals the dynamic characteristics and key regulators of planarian regeneration”的研究论文 ，绘制了地中海涡虫再生历程中的三维空间转录组图谱和单细胞转录组图谱 ，系统判断了多个再生要害调控因子。
在该研究中 ，相助团队首先绘制了具有强盛再生能力地中海涡虫六个差别再生时期的空间转录组和单细胞转录组图谱 ，并构建了种种细胞类型和组织类型的空间三维漫衍模子。通过剖析全醒目细胞亚群的分解轨迹 ，判断到一类以osr2标记的新多能细胞亚群 ，并且视察到在辐射处置惩罚下 ，敲低osr2的涡虫泛起延迟再生表型。与此同时 ，为了进一步掘客影响涡虫再生的要害基因 ，使用构建的三维空间模子 ，系统地剖析了具有空间及细胞特异性漫衍的基因表达�？� ，确定了与伤口区域或极性（背腹侧或前后轴）相关的多个特征�？�。除了已报道的再生必需基因 ，如runt-1和egr2等 ，进一步发明了多个具有相似空间表达漫衍的新空间特异基因 ，如smed29842和smed5347等。除此之外 ，还发明了多个在伤口部位富集表达的新肌肉DV标记基因 ，如atx1l和six6等。为了剖析调控干细胞功效的要害基因 ，对与干细胞空间漫衍一致的基因�？榫傩辛松钊胙芯� ，发明处在基因调控网络要害节点的plk1缺失会导致涡虫再生完全受阻 ，并导致再生历程中新生细胞及其衍生的祖细胞数目镌汰。别的 ，还发明涡虫特有的nb0353和nb3006缺失同样会导致涡虫再生受阻 ，为研究涡虫和哺乳动物再生能力差别的缘故原由提供了参考。
综上所述 ，该事情绘制了涡虫再生相关的细胞组分、基因表达、要害调控因子和信号通路的三维空间动态图谱 ，建设了交互式网站STAPR,资助用户盘问息争析再生要害因子和数据。
该研究获得了来自科技部、国家自然科学基金委和永利集团等项目的资助。
地中海涡虫三维空间与单细胞转录组图谱
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