北京基因组所（国家生物信息中心）相助开发多年生木本植物基因组与调控信息库
多年生木本植物是林业作物中主要的植物类群，其生命周期长，基因组大且杂合度高，具有奇异的心理代谢途径和胁迫对抗特征。多年生木本植物是木料、精油、松脂等特殊代谢物的主要泉源，其遗传多样性关于生态系统稳固性、工业生产和医药工业具有重大的孝顺。周全整合多年生木本植物组学数据资源，建设系统的遗传调控网络，关于剖析该植物类群的要害生物学历程和奇异性状具有主要意义，同时也为分子育种和种质立异提供周全的数据和信息支持。
克日，永利集团（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心鲍一明研究团队与北京林业大学谢剑波研究团队相助开发的多年生木本植物基因组与调控信息库（PPGR）正式上线，该信息库是首个专注于多年生木本植物的在线资源平台，研究效果以“PPGR: a comprehensive perennial plant genomes and regulation database”为题在国际学术期刊Nucleic Acid Research 在线揭晓。
PPGR整合了毛果杨、油松、大桉、银杏、核桃、苹果、葡萄、猕猴桃等60种主要多年生木本植物的基因组数据，应用标准化流程剖析了9,016个植物转录组样本，判断了107,344个转录因子、10,263个抗病基因以及53,829个水平转移基因。同时接纳文本挖掘、人工审编、互作展望等多种方法对卵白-卵白、转录因子-靶标、共表达网络举行高效整合及展望，系统地构建了多维基因调控网络。同时，PPGR重绘了木料形成、季节性休眠、萜烯生物合成和叶片朽迈在内木本植物主要代谢通路，涵盖87,373个通路要害候选基因。另外，PPGR提供具有适用性和交互性的功效� ？楣┯没т榔饰龆嘧檠�，并且集成了多种在线剖析工具举行功效富集剖析、调控网络检索、序列展望富集以及同源检测。PPGR数据库的揭晓为林木基因组学和基因调控研究领域科研突破和发明提供了强盛的数据支持和信息包管。
北京林业大学硕士研究生杨森，北京基因组所（国家生物信息中心）博士研究生宗文婷为论文配合第一作者，北京林业大学谢剑波教授、北京基因组所（国家生物信息中心）李茹姣正高级工程师、鲍一明研究员为配合通讯作者。该研究事情获得国家重点研发妄想、国家自然科学基金优异青年基金、国家林草局青年拔尖人才等项目的团结资助。
PPGR: 多年生木本植物基因组与调控信息库
论文链接
